WooCommerce文档明确指出

请注意：产品自定义库不应与分类permalink库冲突。例如，如果将产品库设置为“shop”，则不应将产品类别库也设置为“shop”，因为这不是唯一的，并且会发生冲突。WordPress需要一些独特的东西，以便能够区分类别和产品。

https://docs.woocommerce.com/document/permalinks/#section-2

我认为这可能是一个通用的WP级别重写问题：如何跨实体类型（帖子和分类法）进行匹配。有很多关于呃。。。重写核心重写系统，因为它已成为瓶颈https://core.trac.wordpress.org/ticket/36292 但这可能是一个冗长的项目。