我在自定义主题中就是这样做的：

<h3>Select pages to include in menu:</h3>

<p>
<?php
$page_ids = get_all_page_ids();
$current_selected = get_option("pages_to_include");

foreach( $page_ids as $page_id ) {
    if( get_post_status( $page_id ) == \'publish\' ) {
        $checked = ( !empty( $current_selected ) && in_array( $page_id, $current_selected ) ) ? \' checked="checked"\' : \'\';
        echo \'<input type="checkbox" name="page_to_include[]" id="page-\' . $page_id . \'" value="\' . $page_id . \'"\' . $checked . \' /> <label for="page-\' . $page_id . \'">\' . get_the_title( $page_id ) . \'</label><br />\';
    }
}
?>
</p>

自WordPress 3.0以来，有一个自定义菜单功能，这是否符合您的需要？或者里面的东西不符合你的需要？看见Appearance Menus SubPanel 在WordPress codex中